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python 读取dicom文件,生成info.txt和raw文件的方法

时间:2021-05-21 00:42     来源/作者:Codekang

目标:利用python读取dicom文件,并进行处理生成info.txt和raw文件

实现:通过pydicom读取dicom文件

代码:

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import numpy
import pydicom
import os
 
# dicom文件所在的文件夹目录
PathDicom = '/home/lk/testdata/1.3.6.1.4.1.9328.50.1.42697596859477567872763647333745089432/'
 
# 筛选出文件夹目录下所有的dicom文件
lstFilesDCM = []
for dirName, subdirList, fileList in os.walk(PathDicom):
  for filename in fileList:
    if '.dcm' in filename.lower():
      lstFilesDCM.append(os.path.join(dirName, filename))
 
# Get ref file
RefDs = pydicom.read_file(lstFilesDCM[0])
 
# Load dimensions based on the number of rows, columns, and slices (along the Z axis)
ConstPixelDims = (int(RefDs.Rows), int(RefDs.Columns), len(lstFilesDCM))
 
# Load spacing values (in mm)
ConstPixelSpacing = (float(RefDs.PixelSpacing[0]), float(RefDs.PixelSpacing[1]), float(RefDs.SliceThickness))
 
# save info.txt
info = ConstPixelDims + ConstPixelSpacing
f = open('/home/lk/testdata/1.3.6.1.4.1.9328.50.1.42697596859477567872763647333745089432/info.txt', 'w')
for n in info:
  f.write(str(n)+' ')
f.close()
 
 
# According to location sorting
location = []
for i in range(len(lstFilesDCM)):
  ds = pydicom.read_file(lstFilesDCM[i])
  location.append(ds.SliceLocation)
location.sort()
 
# The array is sized based on 'ConstPixelDims'
ArrayDicom = numpy.zeros((len(lstFilesDCM), RefDs.Rows, RefDs.Columns), dtype=RefDs.pixel_array.dtype)
 
# loop through all the DICOM files
for filenameDCM in lstFilesDCM:
  # read the file
  ds = pydicom.read_file(filenameDCM)
  # store the raw image data
  ArrayDicom[location.index(ds.SliceLocation), :, :] = ds.pixel_array
 
# save raw
ds = ArrayDicom.tostring()
f = open('/home/lk/testdata/1.3.6.1.4.1.9328.50.1.42697596859477567872763647333745089432/1.raw', 'wb')
f.write(ds)
f.close()

代码编写过程遇到的问题及解决方法:

Problem one: pydicom版本问题。

pydicom1.x中读取dicom文件调用pydicom.read_file(filename);

pydicom0.9中读取dicom文件调用dicom.read_file(filename);

Problem two:python中IO操作

(1) f = open(filename, mode)

其中filename为文件的路径, mode为操作标识符:‘r' 表示读, ‘w'表示写,‘a'表示既可读又可写,‘b'表示二进制文件。

(2) f.write(value)

其中参数value必须是字符串类型的。

当然还有一些其他的问题,在这里就不细说了,多入坑才能学的多,切不可烦躁,代码就是要多敲才能得心应手,共勉。

以上这篇python 读取dicom文件,生成info.txt和raw文件的方法就是小编分享给大家的全部内容了,希望能给大家一个参考,也希望大家多多支持服务器之家。

原文链接:https://blog.csdn.net/likanglearning/article/details/79475404

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