python对DICOM图像的读取方法详解_Python

DICOM介绍

DICOM3.0图像，由医学影像设备产生标准医学影像图像，DICOM被广泛应用于放射医疗，心血管成像以及放射诊疗诊断设备（X射线，CT，核磁共振，超声等），并且在眼科和牙科等其它医学领域得到越来越深入广泛的应用。在数以万计的在用医学成像设备中，DICOM是部署最为广泛的医疗信息标准之一。当前大约有百亿级符合DICOM标准的医学图像用于临床使用。

看似神秘的图像文件，究竟是如何读取呢？网上随便一搜，都有很多方法，但缺乏比较系统的使用方法，下文综合百度资料，结合python2.7，讲解如何读取及使用DICOM图像。

读取DICOM图像，需要以下几个库：pydicom、CV2、numpy、matplotlib。pydicom专门处理dicom图像的python专用包，numpy高效处理科学计算的包，依据数据绘图的库。

安装：

1	`pip install matplotlib`

1 2	`pip` `install` `opencv-python` `#opencv的安装，小度上基本都是要下载包，安装包后把包复制到某个文件夹下，` `#后来我在https://pypi.python.org/pypi/opencv-python找到这种pip的安装方法，亲测可用`

1	`pip` `install` `pydicom`

1	`pip` `install` `numpy`

如果没有记错，安装pydicom时，也会自动把numpy安装上。

安装好这些库后，就可以对dicom文件操作。

具体看下面代码：

									#-*-coding:utf-8-*-

									import cv2

									import numpy

									import dicom

									from matplotlib import pyplot as plt

									dcm = dicom.read_file("AT0001_100225002.DCM")

									dcm.image = dcm.pixel_array * dcm.RescaleSlope + dcm.RescaleIntercept

									slices = []

									slices.append(dcm)

									img = slices[ int(len(slices)/2) ].image.copy()

									ret,img = cv2.threshold(img, 90,3071, cv2.THRESH_BINARY)

									img = numpy.uint8(img)

									im2, contours, _ = cv2.findContours(img,cv2.RETR_LIST,cv2.CHAIN_APPROX_SIMPLE)

									mask = numpy.zeros(img.shape, numpy.uint8)

									for contour in contours:

									 cv2.fillPoly(mask, [contour], 255)

									img[(mask > 0)] = 255

									kernel = cv2.getStructuringElement(cv2.MORPH_ELLIPSE,(2,2))

									img = cv2.morphologyEx(img, cv2.MORPH_OPEN, kernel)

									img2 = slices[ int(len(slices)/2) ].image.copy()

									img2[(img == 0)] = -2000

									plt.figure(figsize=(12, 12))

									plt.subplot(131)

									plt.imshow(slices[int(len(slices) / 2)].image, 'gray')

									plt.title('Original')

									plt.subplot(132)

									plt.imshow(img, 'gray')

									plt.title('Mask')

									plt.subplot(133)

									plt.imshow(img2, 'gray')

									plt.title('Result')

									plt.show()

在DICOM图像里，包含了患者的相关信息的字典，我们可以通过dir查看DICOM文件有什么信息，可以通过字典返回相关的值。

									import dicom

									import json

									def loadFileInformation(filename):

									 information = {}

									 ds = dicom.read_file(filename)

									 information['PatientID'] = ds.PatientID

									 information['PatientName'] = ds.PatientName

									 information['PatientBirthDate'] = ds.PatientBirthDate

									 information['PatientSex'] = ds.PatientSex

									 information['StudyID'] = ds.StudyID

									 information['StudyDate'] = ds.StudyDate

									 information['StudyTime'] = ds.StudyTime

									 information['InstitutionName'] = ds.InstitutionName

									 information['Manufacturer'] = ds.Manufacturer

									 print dir(ds)

									 print type(information)

									 return information

									a=loadFileInformation('AT0001_100225002.DCM')

									print a

总结

以上就是这篇文章的全部内容，希望本文的内容对大家的学习或者工作能带来一定的帮助，如果有疑问大家可以留言交流，谢谢大家对服务器之家的支持。

原文链接：http://www.cnblogs.com/dhanchor/p/7193472.html

python对DICOM图像的读取方法详解

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