前言
昨天才开始接触，鼓捣了一个下午，接下来会持续更新，如果哪里有错误的地方，望各位大佬指出，谢谢！
数据描述
两个文件，一个文件包含了网络图的节点，节点存在类别（0，1，2，3）四类，但是0类别舍去，不画出；另一个文件包含了网络图的边，数据基本特征如下：
图1中，id表示节点，b是类别；图2中，两个数字表示边连接的两个点。
Networkx
安装
我的系统是Mac OS，直接在terminal输入sudo pip install networkx就可以安装，由于代码中涉及几个函数，在python3中会报错，我用python2.7.13实现的
基本使用方法
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import networkx as nx #导入networkx包import matplotlib.pyplot as plt #导入绘图包matplotlib（需要安装，方法见第一篇笔记）G =nx.random_graphs.barabasi_albert_graph(100,1) #生成一个BA无标度网络Gnx.draw(G) #绘制网络Gplt.savefig("ba.png") #输出方式1: 将图像存为一个png格式的图片文件plt.show() #输出方式2: 在窗口中显示这幅图像 |
参数介绍基本
- `node_size`: 指定节点的尺寸大小(默认是300，单位未知，就是上图中那么大的点)
- `node_color`: 指定节点的颜色 (默认是红色，可以用字符串简单标识颜色，例如'r'为红色，'b'为绿色等，具体可查看手册)
- `node_shape`: 节点的形状（默认是圆形，用字符串'o'标识，具体可查看手册）
- `alpha`: 透明度 (默认是1.0，不透明，0为完全透明)
- `width`: 边的宽度 (默认为1.0)
- `edge_color`: 边的颜色(默认为黑色)
- `style`: 边的样式(默认为实现，可选： solid|dashed|dotted,dashdot)
- `with_labels`: 节点是否带标签（默认为True）
- `font_size`: 节点标签字体大小 (默认为12)
- `font_color`: 节点标签字体颜色（默认为黑色）
布局
- circular_layout：节点在一个圆环上均匀分布
- random_layout：节点随机分布
- shell_layout：节点在同心圆上分布
- spring_layout： 用Fruchterman-Reingold算法排列节点
- spectral_layout：根据图的拉普拉斯特征向量排列节点
代码
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# coding:utf-8 import networkx as nx import matplotlib.pyplot as pltimport csv with open('node-8.csv','rb') as csvfile: reader = csv.DictReader(csvfile) column = [row['b'] for row in reader] id_tag0 = [row['id'] for row in reader]#print columnid_tag = []for item in id_tag0: id_tag.append(int(item)) # =================Setting node parameters====================node_0 = []node_1 = []node_2 = []node_3 = []node_color = []node_color_y = []node_color_r = []node_color_g = []node_color_b = []node_shape = []node_shape_0 = []node_shape_1 = []node_shape_2 = []node_shape_3 = [] for i in range(len(column)): if int(column[i]) == 0: pass elif int(column[i]) == 1: color = 'r' shape = 'o' node_1.append(i) node_color_r.append(color) node_shape_1.append(shape) elif int(column[i]) == 2: color = 'g' shape = 'o' node_2.append(i) node_color_g.append(color) node_shape_2.append(shape) else: color = 'b' shape = '*' node_3.append(i) node_color_b.append(color) node_shape_3.append(shape) node_color.append(color) node_shape.append(shape)# ============================================================== with open('node-8.csv','rb') as csvfile: reader = csv.DictReader(csvfile) column1 = [row['b'] for row in reader] id_tag1 = [row['id'] for row in reader]#print columnid_tag11 = []for item in id_tag1: id_tag11.append(int(item)) edge = []with open('edge-8.txt','r') as f: data = f.readlines() for line in data: #print line line = tuple(line.replace('\r','').replace('\n','').replace('\t','').split(',')) edge.append(line)#print edge # ===============Setting edge parameters=========================edge_color = []edge_style = [] for item in edge: #print item if int(column1[int(item[0])]) == 0 or int(column1[int(item[1])]) == 0: pass elif int(column1[int(item[0])]) == 1 or int(column1[int(item[1])]) == 1: color = 'r' #style0 = 'dashdot' #color_r_list.append(color) elif int(column1[int(item[0])]) == 2 or int(column1[int(item[1])]) == 2: color = 'g' #style0 = 'dashed' #color_r_list.append(color) else: color = 'b' #style0 = 'dotted' #color_b_list.append(color) edge_color.append(color) #edge_style.append(style0) G = nx.Graph()#G.add_nodes_from(id_tag)G.add_edges_from(edge) #nx.draw(G,pos=nx.random_layout(G), nodelist = node_0, node_color = node_color_y, node_size=120, node_shape=node_shape_0)#nx.draw(G,pos=nx.random_layout(G), nodelist = node_1, node_color = node_color_r, node_size=120, node_shape=node_shape_1)#nx.draw(G,pos=nx.random_layout(G), nodelist = node_2, node_color = node_color_g, node_size=120, node_shape=node_shape_2)#nx.draw(G,pos=nx.random_layout(G), nodelist = node_3, node_color = node_color_b, node_size=120, node_shape=node_shape_3) nx.draw_networkx(G,pos=nx.random_layout(G),node_color=node_color,node_size=10,node_shape='o',edge_color=edge_color,width=0.3,style='solid',font_size=8) #nx.draw_networkx(G,pos=nx.random_layout(G),nodelist = node_1,node_color=node_color,node_size=100,node_shape='o',style='dashdot') #nx.draw_networkx(G,pos=nx.random_layout(G),node_color=color_g_list,node_size=150,node_shape='^',style='dashed') #nx.draw_networkx(G,pos=nx.random_layout(G),node_color=color_b_list,node_size=150,node_shape='*',style='dotted') #plt.legend()#nx.draw_networkx(G)plt.show() |
画图
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