Innodb数据库对于已经删除的数据只是标记为删除，并不真正释放所占用的磁盘空间，这就导致InnoDB数据库文件不断增长。
如果在创建数据库的时候设置innodb_file_per_table=1，这样InnoDB会对每个表创建一个数据文件，然后只需要运行OPTIMIZE TABLE 命令就可以释放所有已经删除的磁盘空间。
运行OPTIMIZE TABLE 表名后，虽然最后会报Table does not support optimize, doing recreate + analyze instead，但其实已经成功了：）
如果没有设置这个参数，又想释放空间，彻底释放这些已经删除的数据，需要把数据库导出，删除InnoDB数据库文件，然后再倒入。
下面是基本的步骤：
1 使用mysqldump命令将InnoDB数据库导出
2 停止MySQL
3 删除所有InnoDB数据库文件和日志
4 启动MySQL并自动重建InnoDB数据库文件和日志文件
5 导入前面备份的数据库文件
具体命令：
# 备份数据库：
mysqldump -uroot -proot --quick --force --all-databases > mysqldump.sql
# 停止数据库
service mysqld stop
# 删除这些大文件
rm /usr/local/mysql/var/ibdata1
rm /usr/local/mysql/var/ib_logfile*
# 手动删除除Mysql之外所有数据库文件夹，然后启动数据库
service mysqld start
# 还原数据
mysql -uroot -proot < mysqldump.sql
