以下是DNA序列，存储在window下F：\perl\data.txt里面：
AAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGTTTTCCCCCCCC
CCCCCGTCGTAGTAAAGTATGCAGTAGCVG
CCCCCCCCCCGGGGGGGGAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTAT
AAACG
下面是程序：
#下面的程序是用来计算一段DNA序列中ATGC的数量的
#首先定义四种碱基的数量为0
$count_A=0;
$count_T=0;
$count_C=0;
$count_G=0;
#首先要先把序列进行合并成一行
#先确定所要处理的文件的路径及文件名（在windows系统下面要按照这样的例子写
#f:\\perl\\data.txt
print "please input the Path just like this f:\\\\perl\\\\data.txt\n";
chomp($dna_filename=<STDIN>);
#打开文件
open(DNAFILENAME,$dna_filename)||die("can not open the file!");
#将文件赋予一个数组
@DNA=<DNAFILENAME>;
#以下两步要把所有的行合并成一行，然后去掉所有的空白符
$DNA=join('',@DNA);
$DNA=~s/\s//g;
#将DNA分解成，然后赋值到数组
@DNA=split('',$DNA);
#然后依次读取数组的元素，并对四种碱基的数量进行统计
foreach $base(@DNA)
{
if ($base eq 'A')
{
$count_A=$count_A+1;
}
elsif ($base eq 'T')
{
$count_T=$count_T+1;
}
elsif ($base eq 'C')
{
$count_C=$count_C+1;
}
elsif ($base eq 'G')
{
$count_G=$count_G+1;
}
else
{
print "error\n"
}
}
#输出最后的结果
print "A=$count_A\n";
print "T=$count_T\n";
print "C=$count_C\n";
print "G=$count_G\n";
下面是运行的结果：
F:\>perl\a.pl
please input the Path just like this f:\\perl\\data.txt
f:\\perl\\data.txt
error
A=40
T=17
C=27
G=24
F:\>
大家可能观察到有一个error的出现，这是为什么呢？
大家仔细看一看最上面的原始 DNA序列，用特殊颜色标记的，可以看到有一个V，所以会输出错误。
这里把DNA序列经过整合成一行，然后去除所有的空白字符以后，又把$DNA通过split函数变成了数组，然后进行统计，那有没有更好的办法呢？
其实perl里有一个函数，substr。
我们先来看一看这个函数的用法，substr是针对一个大字符串的操作符（The substr function works with only a part of a larger string )言外之意就是对一个很长的字符串，进行片段化处理，取其中的一部分。我们这里用到的就是这个特性。
$little_string =substr($large_string,$start_position,$length)
$小片段=substr（$大片段，$你要截取的小片段的起始位置，$你要截取的长度）
我们这里为了统计DNA中各种碱基的数量，所以要处理的字符串是一个碱基，所以我们要把$length设置为1。这样才能够满足我们的需求。
下面我们把修改过的代码写下：
#下面的程序是用来计算一段DNA序列中ATGC的数量的
#首先定义四种碱基的数量为0
$count_A=0;
$count_T=0;
$count_C=0;
$count_G=0;
#首先要先把序列进行合并成一行
#先确定所要处理的文件的路径及文件名（在windows系统下面要按照这样的例子写
#f:\\perl\\data.txt
print "please input the Path just like this f:\\\\perl\\\\data.txt\n";
chomp($dna_filename=<STDIN>);
#打开文件
open(DNAFILENAME,$dna_filename)||die("can not open the file!");
#将文件赋予一个数组
@DNA=<DNAFILENAME>;
#以下两步要把所有的行合并成一行，然后去掉所有的空白符
$DNA=join('',@DNA);
$DNA=~s/\s//g;
#然后依次读取字符串的元素，并对四种碱基的数量进行统计
for ($position=0;$position<length $DNA;++$position)
{
$base=substr($DNA,$position,1);
if ($base eq 'A')
{
$count_A=$count_A+1;
}
elsif ($base eq 'T')
{
$count_T=$count_T+1;
}
elsif ($base eq 'C')
{
$count_C=$count_C+1;
}
elsif ($base eq 'G')
{
$count_G=$count_G+1;
}
else
{
print "error\n"
}
}
#输出最后的结果
print "A=$count_A\n";
print "T=$count_T\n";
print "C=$count_C\n";
print "G=$count_G\n";
得到的结果如下：
F:\>perl\a.pl
please input the Path just like this f:\\perl\\data.txt
f:\\perl\\data.txt
error
A=40
T=17
C=27
G=24
F:\>
