从物理意义上来讲，InnoDB表由共享表空间文件（ibdata1）、独占表空间文件（ibd）、表结构文件（.frm）、以及日志文件（redo文件等）组成。
1、表结构文件
在MYSQL中建立任何一张数据表，在其数据目录对应的数据库目录下都有对应表的.frm文件,.frm文件是用来保存每个数据表的元数据(meta)信息，包括表结构的定义等，.frm文件跟数据库存储引擎无关，也就是任何存储引擎的数据表都必须有.frm文件，命名方式为数据表名.frm，如user.frm. .frm文件可以用来在数据库崩溃时恢复表结构。
2、表空间文件
（1）表空间结构分析
以下为InnoDB的表空间结构图：
数据段即B+树的叶子节点，索引段即为B+树的非叶子节点InnoDB存储引擎的管理是由引擎本身完成的，表空间（Tablespace）是由分散的段(Segment)组成。一个段(Segment)包含多个区（Extent）。
区（Extent）由64个连续的页（Page）组成，每个页大小为16K，即每个区大小为1MB，创建新表时，先使用32页大小的碎片页存放数据，使用完后才是区的申请（InnoDB最多每次申请4个区，保证数据的顺序性能）
页类型有：数据页、Undo页、系统页、事务数据页、插入缓冲位图页、以及插入缓冲空闲列表页。
（2）独占表空间文件
若将innodb_file_per_table设置为on，则系统将为每一个表单独的生成一个table_name.ibd的文件，在此文件中，存储与该表相关的数据、索引、表的内部数据字典信息。
（3）共享表空间文件
在InnoDB存储引擎中，默认表空间文件是ibdata1（主要存储的是共享表空间数据），初始化为10M，且可以扩展，如下图所示：
实际上，InnoDB的表空间文件是可以修改的，使用以下语句就可以修改：
Innodb_data_file_path=ibdata1:370M；ibdata2:50M:autoextend
使用共享表空间存储方式时，Innodb的所有数据保存在一个单独的表空间里面，而这个表空间可以由很多个文件组成，一个表可以跨多个文件存在，所以其大小限制不再是文件大小的限制，而是其自身的限制。从Innodb的官方文档中可以看到，其表空间的最大限制为64TB，也就是说，Innodb的单表限制基本上也在64TB左右了，当然这个大小是包括这个表的所有索引等其他相关数据。
而在使用单独表空间存储方式时，每个表的数据以一个单独的文件来存放，这个时候的单表限制，又变成文件系统的大小限制了。
以下即为不同平台下，单独表空间文件最大限度。
Operating System File-size Limit
Win32 w/ FAT/FAT32 2GB/4GB
Win32 w/ NTFS 2TB (possibly larger)
Linux 2.4+ (using ext3 file system) 4TB
Solaris 9/10 16TB
MacOS X w/ HFS+ 2TB
NetWare w/NSS file system 8TB
※ 以下是MySQL文档中的内容：
Windows用户请注意： FAT和VFAT (FAT32)不适合MySQL的生产使用。应使用NTFS。
（4）共享表空间与独占表空间
共享表空间以及独占表空间都是针对数据的存储方式而言的。
共享表空间: 某一个数据库的所有的表数据，索引文件全部放在一个文件中，默认这个共享表空间的文件路径在data目录下。 默认的文件名为:ibdata1 初始化为10M。
独占表空间: 每一个表都将会生成以独立的文件方式来进行存储（.ibd文件，这个文件包括了单独一个表的数据内容以及索引内容)。
1）存储内容比较
使用独占表空间之后：
每个表对应的数据、索引和插入缓冲 存放在独占表空间（.idb文件）
每个表对应的撤销（undo）信息，系统事务信息，二次写缓冲等还是存放在了原来的共享表空间内（ibdata1文件）
2）特点比较
具体的共享表空间和独立表空间优缺点如下：
共享表空间：
优点：
可以放表空间分成多个文件存放到各个磁盘上（表空间文件大小不受表大小的限制，如一个表可以分布在不同的文件上）。
数据和文件放在一起方便管理。
缺点：
所有的数据和索引存放到一个文件中，则将有一个很常大的文件，虽然可以把一个大文件分成多个小文件，但是多个表及索引在表空间中混合存储，这样对于一个表做了大量删除操作后表空间中将会有大量的空隙，特别是对于统计分析，日志系统这类应用最不适合用共享表空间。
独立表空间：（在配置文件（my.cnf）中设置 innodb_file_per_table）
优点：
- 每个表都有自已独立的表空间。
- 每个表的数据和索引都会存在自已的表空间中。
- 可以实现单表在不同的数据库中移动。
- 空间可以回收
对于使用独立表空间的表，不管怎么删除，表空间的碎片不会太严重的影响性能，而且还有机会处理。
a)Drop table操作自动回收表空间
b）如果对于统计分析或是日值表，删除大量数据后可以通过:alter table TableName engine=innodb;回缩不用的空间。
c) 对于使innodb-plugin的Innodb使用truncate table也会使空间收缩。
5、在服务器资源有限,单表数据不是特别多的情况下, 独立表空间明显比共享方式效率更高 . 但是MySQL 默认是共享表空间 。
缺点：
单表体积可能过大，如超过100个G。
3）共享表空间以及独占表空间之间的转化
修改独占空表空间配置，配置以下参数
innodb_data_home_dir = "/user/local/mysql/var" 数据库文件所存放的目录
innodb_log_group_home_dir = "/user/local/mysql/var" 日志存放目录
innodb_data_file_path=ibdata1:10M:autoextend 设置配置一个可扩展大小的尺寸为10MB的单独文件（共享数据文件），名为ibdata1。没有给出文件的位置，所以默认的是在MySQL的数据目录内。
innodb_file_per_table=1 是否使用共享还是独占表空间 (1:为使用独占表空间,0:为使用共享表空间)
查看innodb_file_per_table 变量，如果为OFF说明所使用的是共享表空间(默认情况下，所使用的表空间为共享表空间)
对innodb_file_per_table 进行修改时，对于之前使用过的共享表空间不会影响，除非手动的去进行修改
注意：
InnoDB不创建目录，所以在启动服务器之前请确认所配置的路径目录存在。
做数据的移植以及备份时，要注意数据文件的完整性.
原文链接：http://blog.csdn.net/chenjiayi_yun/article/details/45533909
